1951 жылы осы тақырып бойынша кандидаттық диссертациясын сәтті қорғап шықты. Жазушы ғалым абайтану, әуезовтану саласында жемісті еңбек етіп, «Абай шығармаларының текстологиясы» (1959), «Мағауия Абайұлы» (1959) атты кітаптар, әдеби-зерттеу мақалаларын жазды.
Елуінші жылдары «Абайдың әдеби мектебі» концепциясының зиянды деп танылып, әдебиет тарихынан аластатылуының бір себебі «мектеп» деген ұғымның өзі әр-түрлі мағынада қарастырылғандығында жатыр. Қ.Мұхамедханұлы диссертациясының тақырыбы ғана емес, жалпы «Абай мектебі» деген атау түп-тамырымен өзгертіліп, Абайдың ұстаздық қыры көлегейленді. 1959 жылы қазақ әдебиетінің негізгі проблемаларына арналған 5 күндік ғылыми-теориялық конференция өтті. Осы арада назар аударуымыз керек, әлгіндей кең көлемде әдебиетке арналған конференция бұған дейін де, кейін де болмағанын ескерсеңіз қалай деген күнде де сол кездегі әдебиетке деген назардың қаншалықты салмақты болғанын байқай беріңіз. «Об основных тенденциях и направлении казахской литературы 80-90-х годов ХІХ века» деген тақырыпта баяндама жасаған М. Сильченко «Абай мектебі» туралы былай дейді: «Неясным, вызывающим разноречивые толки, остается до сих пор вопрос о так называемых «абаевских традициях» в казахской литературе. В дискуссии 1951 года была отвергнута концепция поэтической школы Абая... Из-за неясности и неразрешенности проблем традиции и влияния, понятий о школах и направлениях в общесоюзной науке, и у нас возникают затруднения в трактовке этих проблем. Есть неоспоримые факты, которые, тем не менее, трудно обьяснить научно. Бесспросно, что Абай имел много последователей»,- деп Абай шәкірттеріне тоқтала келіп: «Нам надо отказаться схоластических толков и споров по этому вопросу уже потому, что в истории нет и не было такого случая, чтобы литературное направление или школа объединяли писателей, поэтов совершенно идентичных по своим общественно-эстетическим воззрениям и творческой манере», - деп, Абай мектебі өкілдерінің шығармашылық мұралары батыс пен орыстың әдеби бағыт, әдеби мектепке қоятын талабына, дәлірек айтқанда «аға ұлт өкілдері» шығарған анықтамаға сай келмейтіндігін тілге тиек етеді.
Жалпы болмысты, соның ішінде әдебиетті белгілі бір қалыпқа салып машықтанған кеңестік жүйе әдебиетіміздің ұлттық ерекшеліктері мен Абайдай дарынның оқшау қасиеттерін ескермеген-ді. Сөйтіп, Сильченконың түйіні мынау: «Отказывались от термина «школа Абая», мы ввели понятие поэтического окружение Абая. Следует прямо сказать, что оно не соответствует действительному положению вещей. Ведь для истории литературы важны не пассивные отношение, а творческое взаимодействие поэтов, писателей одного исторического периода, единого в своей основе направления. Поэтому разрешите предложить на обсуждение понятие, принятое и в истории русской литературы,- «поэзия (или поэты) абаевской поры» [8, Б. 128-129]. Осы мәселеден кейін Абай айналасындағы шәкірттерге қатысты «мектеп» ұғымы алынып, Абайдың өз айналасына тигізген әсері, әсіресе нақты істелген тағылымдық қарекеттері тұмшалана берді.Саяси қысымның салдарынан Абайдың шәкірттерінің мұрасын ғылымда қорғауына мүмкіндік ала алмаған Қ.Мұхамедханұлы 1959 жылы диссертациясының атын ғана емес, идеясын өзгертуге тура келді. Абай шәкірттері деген ұғым еріксіз ақынның төңірегіндегі ақындар деп ауыстырылды. 1951 және 1959 жылғы екі диссертацияның құрылымында айтарлықтай өзгешеліктер бар. Саяси сынның салдарынан кейінгі еңбек біраз қысқарған. Алдыңғысында Турағұлдың аты аталмаса да бірнеше өлеңдері мен аудармаларына шолу жасалса, кейінгі диссертацияда ол жоқ. 1951 жылғы еңбектегі даудың үлкені Көкбай Жанатайұлына, оның «атышулы» «Сабалақ» дастанына байланысты болғандықтан, Абайдың қасында 25 жыл дос болған, талантты ақын Көкбай да кейінгі еңбегіне енбей қалды. Сөйтіп, Шәкәрімсіз, Көкбай мен Турағұлсыз, ал бар ақындардың өзі тек «советтік шеңберге» сиятын шығармалары арқылы танылып, бір сөзбен айтқанда, құйрық-жалы күзеліп, Абай мектебі ғылымда қорғалып шықты. Оның өзінде Қ.Мұхамедханұлының бірбеткей табандылығының, төзімділігінің арқасында. Сөз арасында айта кетуіміз керек, 2005 жылдан бастап шыға бастаған зерттеушінің көп томдық шығармалар жинағына ғалымның 1959 жылғы екінші қорғаған диссертациясы ғана енген. Қайталау делінген бе, 1951 жылғы еңбек жинаққа енбеген, тек Көкбай туралы тарау ғана 1959 жылғыға қосылған. Кеңестік сүзгіге іліне қоймаған, кезінде үлкен айтыс тудырған 1951 жылғы еңбекті де жинаққа кіргізсе, көп томдықтың салмағы артпаса, кемімейтін еді.
